《台湾岛纪》以中国台湾与大陆的历史联系为主线，从三国时期孙权派卫温、诸葛直出使夷洲，到隋炀帝三征流求，印证中国台湾早期便与大陆血脉相连。明末颜思齐、郑芝龙带领沿海民众跨海赴台开荒定居，将中原农耕技艺、民俗信仰传入宝岛，开启大规模拓垦。大航海时代，郑成功率军横渡海峡，驱逐盘踞的荷兰殖民者收复台湾，推行屯田垦荒、兴修水利、兴办文教，让中原礼制文化在海岛扎根。郑成功去世后，郑经接续治理台湾，康熙年间施琅率军攻克澎湖，郑克塽归降，台湾归入清朝版图。清廷否决弃台主张，将台湾划归福建管辖，开放两岸往来，兴办书院推广科举，传承民俗文脉。晚清海防危机加剧，左宗棠上奏推动台湾建省，刘铭传担任巡抚，修建铁路、铺设海底电报，推进台湾近代化建设。甲午战败后《马关条约》签订，台湾被迫割让，刘永福、杨泗洪带领黑旗军与各路义军发起乙未抗战，徐骧、姜绍祖等本土志士浴血奋战，誓死守卫故土。纪录片梳理了从古代到近代的关键历史节点，展现中国台湾始终与大陆同根同源、命运与共的历史脉络。